Borkum besitzt zwei Häfen. Einen kleinen nur für Sportboote und den großen ehemaligen Marine Hafen (Hafen Borkum-Reede). Die Reede sichert durch ihre Lage Borkum einen tidefreien Zugang und beherbergt den Fähr- oder Alten Hafen und den Schutz- und Yachthafen.
Am 15. Juni 1888 nahmen die Borkumer Kleinbahn und der neue Hafen den Betrieb auf. Erst diese bequeme Anbindung ermöglichte es Borkum, zu einem bedeutenden Seebad aufzusteigen.
Im Schutzhafen liegt der moderne Seenotrettungskreuzer „Alfried Krupp“ der Dt. Gesellschaft zur Rettung Schiffsbrüchiger (DGzRS). Er ist nur zu besonderen Anlässen zu besichtigen, aber auch von außen sehenswert.
Der Verkehr zum niedersächsischen Festland nach Emden Außenhafen findet mit Autofähren statt. Die Fahrzeit beträgt etwa zwei Stunden. Daneben gibt es Katamarane als reine Passagierfähren, mit denen dieselbe Strecke in etwa einer Stunden zurückgelegt wird.
